La provincia agustiniana de Castilla, sucesora de las provincias agustinianas españolas desamortizadas por Mendizábal en 1835, desde su restauración en 1882 con el nombre de “Provincia de España y sus Antillas”, funda en 1894 el Colegio de San Agustín en la ciudad de Calahorra. Comienza impartiendo Primera Enseñanza Elemental, Comercio y Bachillerato. Pasados diez años, arrienda parte del inmueble a los PP. Agustinos Asuncionistas, debido a las dificultades económicas por las que atravesaba la comunidad.

Vuelve la Provincia de Castilla tres años después (1907) impartiendo clases de Instrucción Primaria, Instrucción Superior, y Preparatoria para el Comercio hasta 1940, en que el edificio se dedica sólo a Seminario. Abrió de nuevo sus puertas en 1952 para Escuela Primaria por la insistente súplica de la ciudad, pero poco duró la actividad docente, pues en 1955 se cerró para poder albergar al creciente número de seminaristas.

En 1975 comienza la actual etapa académica, regentando la titularidad del centro no la Comunidad de PP. Agustinos, sino la Sociedad Cooperativa San Agustín, formada por los padres de familia de los alumnos, asignando la dirección pedagógica del colegio a los religiosos. Se inició con la Educación General Básica, año seguido se incluyó Preescolar, en el siguiente se comenzó con BUP y se concluyó en 1981 con la implantación del COU.

En la actualidad el Colegio Cooperativa San Agustín imparte las siguientes enseñanzas: Educación Infantil, TVA (transición a la vida adulta), Educación Primaria, Educación Secundaria Obligatoria y Bachillerato con las modalidades de Ciencias de la Naturaleza y de la Salud, y de Humanidades y Ciencias Sociales.