La provincia agustiniana de Castilla funda en 1894 el Colegio de San Agustín en la ciudad de Calahorra. Comienza éste impartiendo Primera Enseñanza Elemental, Comercio y Bachillerato.

En 1907 renueva la oferta con clases de Instrucción Primaria, Instrucción Superior, y Preparatoria para el Comercio hasta 1940, en que el edificio se dedica sólo a la formación de futuros agustinos. Entre 1920 y 1927, formó parte de la comunidad el sacerdote agustino José Agustín Fariña Castro, declarado Beato por ser mártir en 1936.

Por la insistente súplica de la ciudad, se abrió en 1952 una Escuela Primaria, pero apenas duró tres años debido al creciente número de aspirantes agustinos que debía albergar el edificio.

En 1975 comienza la actual etapa académica del centro como Sociedad Cooperativa San Agustín, con una doble titularidad: la Cooperativa de las familias de los alumnos y los Agustinos de la Provincia de Castilla, responsable de la dirección pedagógica y espiritual del colegio. Inicia esta nueva etapa con Educación General Básica, al año siguiente se incluye Preescolar y al siguiente BUP. En 1981 con la implantación del COU se cumplieron los objetivos de completar el colegio con todas las etapas.

En el curso 2007-2008 se implanta una segunda línea que irá subiendo progresivamente desde Educación infantil hasta 4º de ESO. Este incremento llega a su culmen el curso 2019-2020.

A finales del curso 2016-2017 se inicia el proceso por el cual la Sociedad Cooperativa San Agustín se trasforma en la Fundación San Agustín Calahorra.

El 2019 ha sido un año cargado de novedades. La nueva Provincia Agustina San Juan de Sahagún de España, erigida en el Capítulo General de septiembre de ese mismo año como conclusión del camino de unificación iniciado nueve años antes por las cuatro provincias existentes entre las que estaba la Provincia de Castilla de la que dependía hasta entonces nuestro Colegio.

También en septiembre de ese mismo año celebramos el 125 aniversario de la fundación del colegio. Muchos son los agustinos, religiosos y seglares, los alumnos y familias que han sido partícipes de su historia y a los que rendimos homenaje agradecido por sus años de dedicación al colegio.

El curso 2019-2020 pasa a la historia por la pandemia del Covid-19. En marzo se suspendieron las clases presenciales, se cerró el colegio y tuvimos que reinventarnos con clases a distancia a través de todo tipo de medios tecnológicos. El curso fue toda una prueba para las familias, para los alumnos y para los profesores. Pero conseguimos superarla con éxito y acabar el curso escolar dando clase en todas las etapas.

Comenzamos el curso 2020-2021 de forma presencial llenos de fe y de esperanza dentro de la incertidumbre porque el Covid-19 no ha sido todavía erradicado.

En la actualidad, el Colegio San Agustín imparte Educación Infantil, Educación Primaria, Educación Secundaria Obligatoria, con un aula del programa PROCUA, una unidad de Educación Especial, llamada Corazón Despierto, y Bachillerato con las modalidades de Ciencias de la Naturaleza y de la Salud, y de Humanidades y Ciencias Sociales. Actualmente es el único colegio concertado de Calahorra en ofrecer enseñanza bilingüe en infantil, primaria y secundaria.